Tsubomi Hanasaki, una studentessa di seconda media che adora le piante, si trasferisce nella città di Kibōgahana insieme ai genitori. Dopo il primo giorno di scuola all'Accademia Myōdō, durante il quale conosce la sua nuova vicina di casa, l'eccentrica Erika Kurumi, incontra Chypre e Coffret, due folletti che popolano i suoi sogni insieme a Cure Moonlight e all'Albero del Cuore. Chypre e Coffret le chiedono di diventare una Pretty Cure per proteggere l'Albero del Cuore dai Messaggeri del Deserto, che vogliono farlo appassire in modo che il mondo si trasformi in un enorme deserto: quando il Fiore del Cuore di Erika viene rubato, Tsubomi non ha altra scelta che trasformarsi in Cure Blossom e combattere.
In seguito, a lei si aggiungono altre tre Pretty Cure: la stessa Erika si trasforma in Cure Marine, la mascolina Itsuki Myōdōin diventa Cure Sunshine e la fredda Yuri Tsukikage riassume invece l'identità di Cure Moonlight.
